Hujan asam dapat meningkatkan kadar asam di dalam air sungai. Hal ini akan berpengaruh terhadap jumlah ikan yang tinggal di dalamnya. Ikan yang tidak mampu beradaptasi dengan keadaan air yang berubah menjadi asam akan mati. Jika kondisi ini berlangsung lama maka ada kemungkinan terjadi kepunahan.