Keseimbangan ekosistem dapat terganggu karena adanya bencana alam, misalnya gunung meletus, tsunami, gempa bumi, banjir, dan longsor. Beberapa bencana alam tidak bisa dicegah seperti gunung meletus, tsunami, dan gempa bumi. Namun, bencana banjir dan longsor kemungkinan besar terjadi akibat ulah manusia sendiri sehingga dapat dicegah. Misalnya dengan tidak membuang sampah ke saluran air atau sungai, membuat daerah resapan air, dan melakukan reboisasi atau penanaman kembali.