Eubacteria merupakan bakteri yang berdinding sel dan memiliki peptidoglikan. Eubacteria ini hidup di semua tempat atau kosmopolit, baik saproba, parasit dan simbiosis mutualisme. Berdasarkan urutan basa pada RNA kromosom, Eubacteria terbagi atas lima kelompok yakni

• Proteobacteria,
• bakteri Gram positif bersifat kemoautrof dan ada yang fotoautorof,
• Cyanobacteria mempunyai klorofil a seperti tumbuhan,
• Spirochaeta berbentuk heliks panjang dan dapat bergerak, dan
• Chlamydia tidak memilki peptidoglikan pada dinding selnya.

Jadi yang tidak termasuk kelompok Eubacteria yang dibagi berdasarkan urutan basa pada RNA kromosom adalah bakteri Gram negatif.