Fermentasi alami atau spontan adalah fermentasi yang terjadi tanpa melibatkan mikroba yang sengaja diberikan (starter) pada substrat makanan. Mikroba yang melakukan fermentasi bisa berasal dari wadah maupun dari mikroba indigenus yang terdapat pada bahan makanan tersebut.

Salah satu contohnya adalah proses pembuatan dadih. Dadih dibuat dari susu kerbau yang disimpan dalam tabung bambu dan pada nantinya akan menghasilkan tekstur berupa yogurt kental. Penelitian sebelumnya menemukan bahwa susu kerbau pada dadih difermentasi oleh puluhan bakteri salah satunya Lactobacillus plantarum yang berasal dari susu kerbau itu sendiri.

Produk bioteknologi konvensional dari Indonesia yang membutuhkan starter contohnya

• tempe membutuhkan starter berupa jamur Rhizopus sp.,
• oncom membutuhkan starter Monilia sitophila, dan
• tapai dan brem membutuhkan starter Saccharomyces cereviciae.

Jadi produk bioteknologi konvensional dari Indonesia yang proses pembuatannya menggunakan teknik fermentasi alami adalah dadih.