Indonesia memiliki peran dalam mendamaikan beberapa negara di ASEAN. Selain mendamaikan antara negara Kamboja dan Vietnam, Indonesia juga berperan dalam mendamaikan Filipina dan Gerakan Pembebasan Moro.

Saat itu, Bangsa Moro ingin berpisah dari Filipina karena umat muslim di Filipina mengalami tekanan selama pemerintahan Marcos. Bahkan pada tahun 1968 terjadi peristiwa pembantaian terhadap anak-anak muda muslim di Pulau Corregidor yang dikenal sebagai Tragedi Jabidah. Hal tersebut mendorong Nur Misuari sebagai tokoh politik Islam untuk bangkit memperjuangkan nasib muslim Moro melalui sebuah organisasi yaitu Gerakan Pembebasan Moro/Moro National Liberation Front (MNLF). 

Konflik antara Filipina dan bangsa Moro berlangsung cukup lama hingga 2 kali pergantian presiden dari Marcos, Aquino, hingga Fidel Ramos. Indonesia terus ikut dalam mendamaikan Filipina dan Bangsa Moro hingga membawa masalah Bangsa Moro dan Filipina ke Forum Menteri Luar Negeri Negara Muslim dan membentuk Komite Enam, dengan Indonesia sebagai ketua. Setelah mediasi yang cukup panjang, tercapailah Final Peace Agreement 1996 yaitu perjanjian damai antara Filipina dan Bangsa Moro pada tahun 1996.

Berdasarkan penjelasan tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa konflik antara Filipina dan Gerakan Pembebasan Moro selesai pada tahun 1996.