Untuk memulihkan keamanan secara menyeluruh di Madiun, pemerintah bertindak cepat. Provinsi Jawa Timur dijadikan daerah istimewa, selanjutnya Kolonel Sungkono diangkat sebagai gubernur militer. Operasi penumpasan dimulai pada tanggal 20 September 1948 dipimpin oleh Kolonel A. H. Nasution.
Salah satu operasi penumpasan ini adalah pengejaran Musso yang melarikan diri ke Sumroto, sebelah barat Ponorogo (Jawa Timur), hingga berhasil ditembak mati. Sedangkan Amir Sjarifuddin dan tokoh-tokoh kiri lainnya berhasil ditangkap dan dijatuhi hukuman mati. Amir sendiri tertangkap di daerah Grobogan, Jawa Tengah.
Berdasarkan penjabaran tersebut, maka jawabannya adalah Musso kabur ke Ponorogo (Jawa Timur), dikejar lalu ditembak mati. Sedangkan Amir Syarifuddin ditangkap hidup-hidup lalu dijatuhi hukuman mati.